Inició su carrera como director técnico en el equipo de su ciudad natal, Atlético de Rafaela, y permaneció en el conjunto santafecino tres años entre 1992 y 1995, dirigiéndolo en el Nacional B con números positivos, ya que obtuvo un poco más del 55% de los puntos. Su segunda experiencia fue en Patronato en 1995 y un año después llegó a Quilmes, donde estuvo en la temporada 1996/97 y finalizó sexto, quedando afuera de la clasificación al reducido para ascender a Primera División por diferencia de gol.

En 1998 Alfaro volvió a Atlético Rafaela y dirigió a la Crema dos temporadas para en 2001 dar un salto en su carrera y llegar a Belgrano, donde debutó en la categoría más alta del fútbol argentino. No obstante, su primera experiencia en la A fue olvidable ya que tan solo dirigió 14 partidos al Pirata con dos triunfos, cinco igualdades y siete caídas.

Pese al flojo desempeño en Belgrano, las buenas para Alfaro llegarían rápidamente, ya que al mando de Olimpo de Bahía Blanca se consagró campeón en el torneo del Nacional B del 2001/02 y logró el ascenso a Primera. Tras aquel éxito regresó al Cervecero y consiguió depositar a Quilmes en Primera División, luego de finalizar tercero en la segunda categoría y derrotar a Argentinos Juniors, el segundo, en una final por el pase a Primera División.

Alfaro continuó sentado en el banco de Quilmes y sorprendió al alcanzar la mejor campaña de un equipo recién ascendido en la historia de los torneos cortos sumando 31 puntos en el Apertura 2003, siendo cuarto y 29 en el Clausura 2004, quedando sexto. Gracias a ello, el Cervecero consiguió las históricas clasificaciones a la Copa Sudamericana del 2004 y la Copa Libertadores del 2005, pero no pudo superar la primera ronda de eliminación ni la fase de grupos respectivamente.

En 2005 a Lechuga le llegó la oportunidad de pasar a un grande de Argentina, por lo que arribó a San Lorenzo la temporada siguiente. No fue bueno su paso por el equipo azulgrana ya que estuvo lejos de la lucha por el título y sufrió abultadas derrotas ante River (5-1), Banfield (5-0) y Colón (4-1). Posteriormente, llegó al club en donde consiguió más éxitos y se lo recuerda con cariño: Arsenal de Sarandí.

Desde el comienzo le brindó alegrías al club ya que en su primera campaña logró el pase a la Copa Sudamericana del 2007 y a la Copa Libertadores de 2008. En la primera competencia, el Arsenal de Alfaro hizo historia al derrotar a River por penales en semifinales y a América de México en la final para que Arsenal levante por primera vez un trofeo de carácter internacional.

Luego de su exitoso paso llegó a Rosario Central, pero su estadía en Arroyito fue muy breve dado que solamente ganó dos partidos, empató en otros dos y cayó en diez ocasiones. Tras la olvidable campaña emigró a Arabia Saudita para dirigir a Al-Ahli pero un año después regresó a Arsenal y en su primer campeonato al mando del conjunto de Sarandí finalizó tercero, pero significó poco en relación a los logros que obtendría posteriormente.

En 2012 se consagró campeón del torneo Clausura con 38 unidades luego de un triunfo 1-0 sobre Belgrano en la última jornada y gracias a ello disputó la Supercopa ante Boca, campeón de la Copa Argentina, a quien derrotó por penales tras empatar 0-0 en tiempo reglamentario. Además, el año siguiente se adjudicó la Copa Argentina al derrotar categóricamente a San Lorenzo por 3-0. Finalmente, en 2014 Alfaro decidió alejarse de Arsenal en donde dejó una huella importante, siendo parte importante de la etapa más exitosa de la institución.

Luego llegó a Tigre en donde permaneció dos años y clasificó a la Sudamericana del 2015, certamen en el cual cayó ante Huracán, posterior subcampeón. Al año siguiente fue contratado por Gimnasia de La Plata y al igual que su paso por el Matador de Victoria disputó la Copa Sudamericana pero el Lobo fue eliminado por Ponte Preta.

En 2017 llegó a Huracán y no le fue nada mal ya que finalizó cuarto en el campeonato del 2017/18 y clasificó al equipo de Parque Patricios a la Copa Libertadores de 2019. Además, en el certamen actual también marcha cuarto, lo que generó que Boca Juniors decidiera hacerse con sus servicios para reemplazar a Guillermo Barros Schelotto y así llegar al Xeneize. Así tendrá nuevamente una oportunidad en uno de los más grandes del fútbol argentino, buscando principalmente un anhelo que tiene en común con su nuevo club: la Copa Libertadores.